Die Verwaltung der Stiftung führte bis zur Säkularisation im Jahre 1806 die bischöfliche Administration Eichstätt und von 1806-1818 die Königliche Stiftungsadministration Eichstätt. Seit 17.Mai 1818 steht die Stiftung unter der Verwaltung der Stadt Eichstätt.
Die Stiftung führt den Namen Eyb'sche Heiliggeistspitalstiftung Eichstätt. Sie ist eine rechtsfähige örtliche Stiftung des öffentlichen Rechts mit dem Sitz in Eichstätt. Die Stiftung wird vom Stadtrat Eichstätt verwaltet.
