Der Neubau von 1699–1701 und die westlichen Altbauten
Der dreigeschossige, mit der Kirche zu einem kompakten Baukörper zusammengefasste Spitalbau [2], wird 1703 in Betrieb genommen. Er ist anfänglich zum Teil, später der vollständige Pfarrhof. An der Westseite des Neubaus von 1701 bilden zweigeschossige Pfründner- und Verwaltergebäude ein klosterähnliches Ensemble, das um einen Innenhof gruppiert ist. Es handelt sich um Bauten des alten Spitals, die an den Neubau von 1701 angeglichen werden. Vor allem der breite, nach Westen vorstoßende Gebäudeteil [3.1] ist ein schon vor dem Stadtbrand errichtetes Gebäude. Noch 1924 kann die Jahreszahl 1613 am hofseitigen Giebelaufzug abgelesen werden. Auch der mit dem Neubau verbindende Südflügel steht schon 1615. Der nordseitige Strassenflügel [3.2] wird hingegen neu erstellt. Gleichzeitig mit der Kirche oder nur wenig später (dies ist uns leider nicht bekannt), vielleicht noch unter dem Hofbaumeister Jakob Engel gebaut, ersetzt er die 1634 zerstörten Altbauten.
Zerstörungen in moderner Zeit
Keines der oben beschriebenen Gebäude ist heute erhalten. Nur der an die Kirche anschliessende Wohnbau [2] könnte in seiner Außenhülle noch ursprünglich sein. Dank einer gelungenen denkmalpflegerischen Intervention sind heute die Fassaden wieder in der ursprünglichen Qualität vorhanden. 1967 wird der Nordflügel [3.2] durch einen Neubau ersetzt, der in keine Weise auf den schlichten Vorgängerbau Bezug nimmt.West- und Südflügel des 15./17. Jahrhunderts [3.1] werden in den 1970er-Jahren ebenfalls abgebrochen und durch Neubauten ersetzt, die nur in der Grobform noch die alten Gebäude erahnen lassen. Innerhalb weniger Jahre wird damit eine über Jahrhunderte gewachsene Struktur zerstört und durch Bauten von äusserst bescheidenem Niveau ersetzt.
Weitere Erweiterungen
Schon 1899 wird in Verlängerung des Westflügels eine erste größere Erweiterung angehängt. [3.4] 1973 wird sie durch einen Neubau ersetzt. Eine weitere Erweiterung, im Süden 1961|62 an den Bau von Jakob Engel angehängt, wurde der sogenannte «Altmühlbau» errichtet. Dieses Gebäude der 1960er-Jahre ist dank dem Verzicht auf das Sockelgeschoss, seiner schlichten Architektur und dank einer neueren Renovation, wenig störend. Es soll aber in nächster Zeit wieder durch einen Neubau ersetzt werden. Man kann nur hoffen, dass dann die Qualität der neuesten Erweiterung von 2008 erreicht wird. [3.6] Zurückversetzt, parallel zur starkbefahrenen Ingolstädter Straße gebaut, bildet dieser Neubau heute den einzigen Lichtblick in den unübersichtlichen und kaum dokumentierten Eingriffen im Ensemblebereich des Heilig-Geist-Spitals.